El índice tiene tres partes: materias, personas y Escritura. Cada localizador remite a la sección donde se trata un tema, una persona o un pasaje. En el libro impreso y en PDF indica la página donde comienza esa sección, y la exposición aparece en esa página o en las pocas páginas siguientes. En la edición electrónica cada localizador es un número de capítulo enlazado con la sección misma.

En el índice temático, los números en negrita señalan una sección en la que el tema es principal. Un asterisco después de un encabezado (*) indica que el término está definido en el Léxico de trabajo, Apéndice E, cuyas entradas siguen el orden alfabético. «Afirmación» seguido de un identificador remite al Índice de afirmaciones y al Mapa de argumentos del Apéndice B, donde se indican los fundamentos, los límites y las dependencias de cada afirmación. Las figuras bíblicas aparecen entre las materias; los autores antiguos y modernos y otras personas históricas aparecen entre las personas.

El índice de la Escritura enumera, en orden canónico, cada pasaje citado por capítulo o versículo en el texto y sus notas, con los libros deuterocanónicos entre los dos testamentos. Los pasajes mencionados solo como libros completos, como Job, Salmos o Apocalipsis, se incluyen entre las materias en las que se trata el libro mismo.